序卷一总赋寒性热性温性平性用药发明标本论用药法药性升降浮沉补泻法五脏所欲五脏所苦五气凑五脏例五行五色五味走五脏主禁例手足三阳表里引经主治例诸药泻诸经之火邪诸药相反例十八反歌十九畏歌六陈歌五脏补泻主治例
叙卷之一咽喉大纲论喉舌分经说咽喉看治法总要十六绝症又四绝症右手图左手图针穴图卷之二精选应用诸方（九方）制药法（四法）爰采应用诸方（十二方）卷之三咽喉门第一（十一症图说）帘珠喉呛食哑喉内外肿喉风热喉紫色
咽喉秘集
简介序医林列传伤寒卒病论集凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七
方症会要
简介序略言存济堂药局修合施送方并加药法
小引凡例卷上补可扶弱四君子汤六君子汤香砂六君子汤五味异功散香砂六君子汤论补中益气汤当归补血汤保元汤独参汤四物汤八珍汤十全大补汤人参养荣汤天王补心丹六味地黄丸桂附地黄丸还少丹龟鹿二仙胶圣愈汤十味地黄丸正
卷上太阳方总论卷下阳明方总论少阳方总论太阴方总论少阴方总论厥阴方总论六经方余论
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
道门《丹医秘授古脉法》的故事一、关于《丹医秘授古脉法》的抄本二、《丹医秘授古脉法》的内容《丹医秘授古脉法》前言太渊脉第一以穴名也。离经脉第二守灵脉第三趺阳脉第四人迎气口脉第五青龙脉第六太冲脉第七龙曜脉