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简介序卷上卷中卷下附录
序卷一金石部金银箔黄丹胡粉铜青铁浆铁锈水银轻粉银朱密陀僧丹砂钟乳矾石禹余粮硝石滑石石膏青盐食盐雄黄紫石英赤石脂寒水石花蕊石阳起石蓬砂胆矾青礞石无名异玉屑自然铜石燕磁石硫黄果部陈皮青皮枳壳枳实杏仁桃仁大
正文附经目屡验良方
金匮玉函要略方论序金匮要略序（出赵本．）金匮玉函要略综概卷一脏腑经络先后病脉证第一（论十三首、脉证三条）湿病脉证第二（论一首、脉证十二条、方十一首）百合狐惑阴阳毒病证治第三（论一首、证三条、方十二首）
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
自叙卷上·经络脏腑无气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论卷上·脉诊脉决死生论症脉轻重论脉症与病相反论卷上·病中风论臌膈论寒热
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
序卷上总论指南赋入门察色五视法面上诸穴歌小儿无患歌调护歌入门候歌入门试法四十九脉图解详解脉纹辨色歌五指冷热歌审候歌脉法歌闻小儿声音辨小儿五音阳掌十八穴疗病诀阴掌九穴疗病诀附臂上五穴疗病诀足部十三穴疗病