序叙自叙御定医宗金鉴麻疹卷一疹原轻重麻疹主治大法麻疹未出证治麻疹见形证治麻疹收没证治卷二身热不退烦渴谵妄喘急咳嗽喉痛失音牙疳呕吐泻泄痢疾腹痛衄血瘙疹盖痘疹瘾疹卷三 （附采诸家麻后证治）麻后龟胸麻后肺痿
叙卷之上卷之下
序一序二序三总论伤寒热病总论验舌色论验口唇论验二便论辨脉论南北方宜发表不同论南北方宜清里相同论三阴经热病论三阴经寒病论阴症似阳论阳症似阴论宜发表论忌发表论宜清里论忌清里论宜和解论忌和解论宜吐法论忌吐法
仁斋直指方论
总论调理精血论直指真源论男女服药论交会宜忌日诊妇人有妊歌妊娠杂病并产生死二歌余不能尽录也调元调经安胎便产转女为男法附方集验方广嗣附方附论一篇论童壮论衰老
序自序上集伤寒正名论王叔和辟泥四时论病之谬辟泥日数分经之谬论陶节庵论吴又可诸家编次司天运气分别阴阳十二经离合察脉大法寸口脉论趺阳少阴脉论脉分阴阳死生论仲景六经辨证与内经热病论互异辨中风一辨中风二辨中风
妇科总括卷一调经门天癸月经之原妇人不孕之故月经之常月经异常外因经病内因经病不内外因经病血色不正病因气秽清浊病因愆期前后多少经行发热时热经行寒热身痛经行腹痛经行泻吐错经妄行成吐衄崩经水过多兼时下白带调经
医源
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附